《计算机应用研究》|Application Research of Computers

基于多线程技术的dBM改进算法

Multithreadbased improvement of dBM algorithm

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作者 刘少鹏,林丕源,张丽霞,刘吉平
机构 华南农业大学,广州 510642
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文章编号 1001-3695(2008)11-3299-03
DOI 10.3969/j.issn.1001-3695.2008.11.028
摘要 在分析基于压缩的DNA模式匹配算法dBM的基础上,采用多线程技术,设计并实现MultipleOFdBM算法和DoubleOFdBM算法。实验结果表明,新算法的匹配速度比dBM算法有所提高。
关键词 生物信息学;压缩模式匹配;dBM算法;多线程技术
基金项目 国家自然科学基金资助项目(60573043)
广东省科技攻关项目(2007A0203000101)
华南农业大学新学科扶持基金项目( 2007X022, 4900K03208,5600K04098 )
本文URL http://www.arocmag.com/article/1001-3695(2008)11-3299-03.html
英文标题 Multithreadbased improvement of dBM algorithm
作者英文名 LIU Shao-peng, LIN Pi-yuan, ZHANG Li-xia, LIU Ji-ping
机构英文名 South China Agricultural University, Guangzhou 510642, China
英文摘要 After analysis of the dBM algorithm for DNA compressed pattern matching, two new algorithms, MultipleOFdBM and DoubleOFdBM were designed and implemented by using multithreads. The experimental results show that the efficiency of the new algorithms is higher than the old one.
英文关键词 bioinformatics; compressed pattern matching; dBM; multithread technology
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收稿日期
修回日期
页码 3299-3301
中图分类号
文献标志码 A