Gene expression data classification method based on FCBF feature selection and ensemble optimized learning

Gene expression data classification method based on FCBF feature selection and ensemble optimized learning
Ma Chao
School of Digital Media, Shenzhen Institute of Information Technology, Shenzhen Guangdong 518172, China

摘要

In order to solve the problems of microarray gene expression data with the characteristic of high dimension and small sample, high redundancy and a lot of noise, this paper proposed a novel model FICS-EKELM, which was built based on the combination FCBF feature selection and ensemble optimized method, for gene expression data classification. In the proposed method, it firstly used fast correlation-based filter method(FCBF) to eliminate the irrelevant features and noise, and chose the discriminate feature subsets. Secondly, bootstrap technology produced many sample training subsets, by means of these subsets, it used the improved crow search algorithm(ICS) to select optimal feature subsets and optimized parameters for kernel extreme learning machine(KELM) synchronously. And then, it constructed ensemble classifiers for target gene data classification, which based on the basic classifiers. Moreover, the model used parallel method on multi-core platform multithreading processor, which used OpenMP, to speed up the search and optimization process. Experiment on six public famous gene datasets shows that the proposed method not only achieves a higher classification performance with less characteristic genes, but also greatly improves the classification accuracy. It proves the validity of the proposed method.

基金项目

国家自然科学基金青年基金资助项目(61303113)
广东省自然科学基金资助项目(2016A030310072)
深圳市科技计划项目(KJYY20170724152553858)
广东省教育厅重点平台及科研项目特色创新类项目(2017GWTSCX040)
深圳市2017年度规划课题(ybzz17011,ybzz17009,zdzz17005)
校级科研课题(QN201716)

出版信息

DOI: 10.19734/j.issn.1001-3695.2018.04.0248
出版期卷: 《计算机应用研究》 Printed Article, 2019年第36卷 第10期
所属栏目: Algorithm Research & Explore
出版页码: 2986-2991
文章编号: 1001-3695(2019)10-024-2986-06

发布历史

[2019-10-05] Printed Article

引用本文

马超. 基于FCBF特征选择和集成优化学习的基因表达数据分类算法 [J]. 计算机应用研究, 2019, 36 (10): 2986-2991. (Ma Chao. Gene expression data classification method based on FCBF feature selection and ensemble optimized learning [J]. Application Research of Computers, 2019, 36 (10): 2986-2991. )

关于期刊

  • 计算机应用研究 月刊
  • Application Research of Computers
  • 刊号 ISSN 1001-3695
    CN  51-1196/TP

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